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（1）整潔：凈化微生物實驗室操作區是集中各種病原菌的地方，為了減少粉塵進入，避免污染，操作區應與外界隔開。實驗室工作人員進入操作區應換鞋，送樣員不進入操作區，操作區空中用專用拖把每天除塵1 次，每周用消毒劑清洗1 次。每天早上工作前，用紫外線燈照30 min ，或每天工作結束后，用紫外線映照一小時 ，對整個操作區停止消毒；下午工作完畢后用消毒液擦工作實驗臺臺面，以保證工作環境的安全清潔。
（2）光線：細菌培育的細小菌落及血清實驗凝集顆粒的觀察， 都要有充足的光線。操作區除設置常規照明燈外，還必需裝置操作臺燈，以保證明驗結果的正確判別。

（3） 通風：由于各種病原菌集中，空氣需要保持純凈，實驗室要求通風柜必須要無障礙的。

（4）溫度和濕度：由于無菌實驗室操作的要求，且實驗過程中經常運用酒精燈，因而，微生物學實驗室不能裝置吊扇。為了到達實驗所需的適合溫度，特別是滿足某些儀器對溫度濕度的請求，實驗室應裝置恒溫恒濕空調。

（5）電源：要求提供電壓穩定、頻率穩定的電源；依據儀器設備要求，必要時需要裝備連續電源。

（6）水源：操作區內須設置水源。用于標本處置（如細菌染色） 的水槽與工作人員洗手用的水槽不能混用。

（7）污染物處置：操作區須備有消毒缸，以處置沾有活菌的玻片等污染物品。檢驗剩余的標本及運用過的帶菌平板、試管均須集中地點平安放置，經消毒滅菌處置后再洗濯或丟棄。